沖之鳥礁首先是由西班牙人于1543年標(biāo)于航海圖上的,18世紀(jì)后期,英國人確認(rèn)了這一礁石的存在。

20世紀(jì)20年代開始,日本測量船對該礁進(jìn)行了多次測量,并于1931年將該礁列入日本領(lǐng)土。第二次世界大戰(zhàn)期間,日方原本準(zhǔn)備在礁上修建燈塔和氣象觀測站,但由于太平洋戰(zhàn)爭的影響,這一項目未能完工。

日本為了防止“沖之鳥”被風(fēng)化和潮水腐蝕而淹沒,1987年起開始在沖之鳥四周筑成堤防設(shè)施,后又設(shè)置了氣象觀測裝置。2005年3月,日本政府決定撥款1000萬日元,在沖之鳥礁設(shè)置燈塔。

2009年11月6日,日本政府決定,在“沖之鳥島”上建設(shè)港灣和自衛(wèi)隊基地。

2010年5月18日,日本眾議院全體會議通過了《低潮線保全和基地設(shè)施整備法案》。這一法案要求保護(hù)日本最南端的“沖之鳥島”(中國稱沖之鳥礁)和最東端的南鳥島等。

2011年5月27日,日本綜合海洋政策本部決定在中日兩國爭議的沖之鳥礁(日本稱沖之鳥島)西側(cè)建設(shè)碼頭和連接周邊的道路。